Produce 48 tập hợp 96 thí sinh, 57 thực tập sinh đến từ Hàn Quốc và 39 thành viên của AKB48 Group đến từ Nhật Bản, từ đó khán giả sẽ bình chọn cho những thí sinh mình yêu thích để thành lập nên một nhóm nhạc Hàn Quốc - Nhật Bản gồm 12 thành viên hoạt động trong vòng 2 năm 6 tháng (30 tháng). Nhóm sẽ học tập theo hệ thống AKB48: "thần tượng bạn có thể gặp và chào hỏi" (idols you can meet and greet) và biểu diễn trong nhà hát của riêng mình.[3] Album ra mắt của nhóm sẽ được sản xuất bởi nhà sản xuất nổi tiếng, cũng là người tạo nên các AKB48 Group Akimoto Yasushi và CEO của Pledis Entertainment Han Sung-soo.[4] Các thành viên chiến thắng vẫn có thể hoạt động song song cùng với công ty gốc của mình.[1]

Trong buổi họp báo vào ngày 11 tháng 6 năm 2018, Produce 48 cho biết chương trình chỉ cho phép các khán giả Hàn Quốc bình chọn do độ nổi tiếng của các thí sinh Nhật Bản tại nước nhà quá lớn, gây nên sự bất công đối với các thực tập sinh Hàn Quốc chưa có nhiều danh tiếng, và nhóm chiến thắng sẽ là top 12 chung cuộc, bất kể đến từ phía Hàn Quốc hay Nhật Bản chứ không chia đều 6 Hàn - 6 Nhật như thông tin ban đầu. Cuối cùng, các thành viên của nhóm chiến thắng bao gồm 9 thành viên người Hàn Quốc và 3 thành viên người Nhật Bản.[5][6]